二代测序技术基于大规模平行测序技术(massive parallel analysis,MPS),它能同时完成测序模板互补链的合成和序列数据的获取。主要可以分成Roche 454焦磷酸测序、Illumina Solexa合成测序和ABI SOLiD连接法测序。
(1)Roche 454焦磷酸测序:使用边合成边测序技术,避免了Sanger法存在的宿主菌克隆问题。即首先将目的DNA片段打断成300-800bp的小片段,然后在5’端加上一个磷酸基团,并将3’端变成平端,再在两端加上衔接子组成目的DNA的样品文库。之后将目的DNA片段固定到磁珠上,将磁珠包被在单个油水混合小滴中进行独立的扩增,从而实现所有目的DNA片段进行平行扩增PCR。随后将这些DNA放入PCT反应板中共进行后继测序,这里面包含了化学光反应所需的各种酶和底物。测序开始时,将T、A、G、C按顺序循环单分子进入PTP 板,如果发生配对,则会释放一个焦磷酸盐分子,其在后续与ATP磷酸化酶和虫荧光素反应产生光信号,此光信号被捕获以确定碱基序列。
(2)Illumina Solexa合成测序:使用克隆单分子阵列技术。首先将目的DNA片段打断成100-200bp,随机连接到固相基质上,经过Bst 聚合酶延伸和甲酸胺变性的桥PCR循环,生成大量的 DNA簇,之后的反应与Sanger法类似,每次延伸所产生的光信号被标准的阵列光学检测系统分析测序,下一次循环中把终止剂和荧光标记基团裂解掉,然后继续延伸 dNTP,实现了边合成边测序技术。
(3)ABI SOLiD连接法测序:首先制备DNA文库,可以使用片段文库和配对末端文库。第二阶段与焦磷酸测序相同,加入磁珠等反应元件进行emPCR平行扩增,,不同的是该方法的磁珠只有1 µm。在连接测序中,底物是 8 个碱基的八聚体单链荧光探针,在5′末端分别标记了CY5、Teaxs Red、CY3、6-FAM这四种颜色的荧光染料。3′ 端的第 1、2 位碱基类别排序分别对应着一个固定的荧光染料,第 3、4、5 位碱基“n”是随机碱基,第 6、7、8 位碱基“z”是可以和任何碱基配对的特殊碱基。一次测序中包括了五轮连接反应,可以减小测序误差。
2.5代测序——半导体测序技术,由Ion Torrent研制开发。由于使用到了Emusion PCR技术,其实质介于二代和三代测序技术之间。该技术使用一种高密度半导体芯片,每个芯片单独的进行测序。实验时先将芯片置于一个离子敏感层和离子感受器之上,当DNA聚合酶在每一个单分子模板链上滑动时,发生聚合反应,释放出氢离子,最终离子感受器就会捕捉到这种信号,从而读出DNA序列。
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