有人用亲和标记技术直接鉴别结合部位的氨基酸残基。其做法是将一化学性质活跃的侧链连接到半抗原上，当此带有侧链的半抗原与相应抗体结合后，侧链即与邻近的氨基酸形成共价键，也就是说，结合部位邻近的氨基酸残基被标记了。也有人用叠氮基作侧链连接到半抗原上，并与相应抗体结合，经紫外线照射后，叠氮基转变成活化的硝基苯基，而硝基苯基能与任何有机基团接触形成共价结合。这种亲和标记可结合在重链与轻链二者的超可变区上。
