对于人类免疫缺陷病毒的来源，研究者已经基本达成共识。这是一种动物源性病毒，起源于非洲中部的野生灵长类动物。
人类免疫缺陷病毒可以分为两型：HIV-1和HIV-2，其中HIV-1和黑猩猩的免疫缺陷病毒（SIVcpz）在基因组成方面十分接近，很可能是跨种群传播给人类的。而HIV-2和乌色白眉猴的免疫缺陷病毒（SIVsm）十分接近，很可能来源于此 。
