儿童溃疡性结肠炎的发病机制目前仍不十分清楚 近年，有学者从患儿血清中已查出有抗自身结肠上皮细胞的抗体，其抗原物质系结肠上皮细胞的一种黏多糖，通过自身抗原抗体反应，导致外周淋巴细胞对结肠及直肠黏膜上皮细胞损伤，引起充血，溃疡等炎症反应，儿童正值生长发育期，肠黏膜屏障尚未发育完全，细菌及抗原物质可通过肠黏膜屏障和黏膜层淋巴组织接触后致敏，随着儿童生长发育完成，肠黏膜屏障功能日趋完善，隔绝了这种接触，但在食物过敏，肠道细菌浓度增高，以及肠道粪便潴留等情况下，或肠道细菌与肠黏膜接触时间过长时，均可造成肠黏膜损伤，如淋巴细胞仍保持高度致敏状态，肠菌抗原有可通过肠黏膜产生变态反应，损伤含有靶抗原的组织器官而发生溃疡性结肠炎。
炎性介质在溃疡性结肠炎发生的作用，是近年来国外研究的又一重要课题，有人认为溃疡性结肠炎与炎性介质，如花生四烯酸的代谢产物，细胞激活因子和氧自由基等增多有关，此外，神经多肽，P物质，血管活性肠肽等亦与溃疡性结肠炎炎症反应发病机制的某一环节有关。
食物过敏和精神因素均可引起肠壁黏膜过敏，肥大细胞脱颗粒反应增多，以及迷走神经与交感神经过度兴奋引起的结肠运动功能及血供异常，造成肠平滑肌痉挛，肠壁充血，水肿甚至形成溃疡。
