1.电镜检查 HPV是最早在电镜下观察到的病毒之一，将活检标本负染，若能在电镜下见到特征性的病毒颗粒，即可作出诊断；而用免疫电镜可提高检出率。电镜检查法虽然准确率很高，但费时，需特殊仪器设备，且检出阳性率很低。
2.PCR技术 应用此法可检测HPV-DNA，还可进行基因分型。灵敏度可达1fg，该法操作简便省时，而且标本来源不受限制，如病变组织或脱落细胞，分泌物或黏液，新鲜标本或保存已久的石蜡切片等标本均可。
3.血清学检查 目前尚不能用血清学方法对HPV进行确诊及分型。为发展型特异性血清学试验现正在研究试用基因工程表达产生的晚期蛋白来检测患者血清中相应的抗体。初步认为，L1和L12蛋白可用于检测HPV型特异性免疫应答。
4.核酸杂交技术 核酸分子杂交技术不仅能对HPV进行确诊，而且还能对HPV进行分型。利用放射性核素或生物标记的HPV-DNA探针来检测患者标本中是否存在互补的核酸链。最常用的方法为斑点杂交法，其次为DNA印迹法及原位杂交。
5.内镜检查 要发现阴道、肛门及直肠、尿道等部位的生殖器疣则分别需借助阴道镜、肠镜以及尿道镜等内镜检查，凭外观特征进行诊断。