多数结肠缺血症的病因不明，可能有以下病因。
（1）肠道疾病：结肠癌、憩室炎、肠扭转。
（2）心脏疾病：心力衰竭、心律失常、动脉硬化、洋地黄治疗。
（3）血管病变：肠系膜下动脉血栓形成、血栓闭塞性血管炎、动脉栓塞、结节性动脉周围炎、系统性红斑狼疮。
（4）手术：主动脉瘤切除术、主动脉重建术、结肠旁路术。
（5）药物：雌激素、血管加压素、达那唑。
（6）血液系统疾病：蛋白质C、S缺乏、抗凝血酶Ⅲ缺乏、镰状细胞性贫血。
（7）其他：创伤、长跑。
其中主要的是动静脉闭塞、小血管疾病和机械性非闭塞性疾病。
