如果肿瘤是单发的、瘤体较小、位置表浅且无肝外转移，手术切除可获治愈。约超过半数的患者在就诊时就已失去了手术治疗的机会，而那些能切除者的预后也较差，婴幼儿肝细胞癌对放疗和化疗又均不敏感，因此婴幼儿肝细胞癌预后不良。
对较早期恶性程度较低的胎儿型及混合型，无转移的婴幼儿肝细胞癌，手术切除长期生存者15%～37%不等。肿瘤切除后综合治疗，长期存活率有报道可达80%。
高亚等报道29例小儿婴幼儿肝细胞癌依时间和治疗原则不同分为早期（1965～1980年行手术切除）、中期（1980～1991年行手术切除+术后化疗）、后期（1991～1995年行术前化疗+手术+术后化疗）。早、中期总体手术切除率分别为37.5%、30%，总体1年无瘤生存率25%和30%。后期总体切除率62.5%，1年无瘤生存率50%。
资料表明，婴幼儿肝细胞癌后期生存率提高是由于采用术前化疗，使进展期肿瘤切除病例增多；认为加强对Ⅲ、Ⅳ期肿瘤的术前化疗，是提高其切除率、改善婴幼儿肝细胞癌总体预后的关键。
