沙眼衣原体（CT）除引起世界范围流行的沙眼外，已是性传播和新生儿围生期母婴传播的重要疾病之一。沙眼衣原体可用微量免疫荧光试验分成15个不同的免疫亚型，不同的亚型可引起不同的临床症状群。A、B、Ba、C型引起流行性沙眼，D、E、F、G、H、I、J、K等型引起成人的眼及生殖器感染，新生儿的眼及呼吸道感染。而L1、L2、L3型则主要引起性病性淋巴肉芽肿及直肠炎。用于沙眼衣原体基因扩增的引物序列主要有外膜主蛋白基因、隐蔽性质粒和rRNA基因。
