以胃肠道和关节病变最常见。CD患者的胃肠道症状有因痉挛、便秘、部分或完全性肠梗阻引起的脐周、腹右下1/4绞痛，并伴有腹泻、恶心、呕吐、发热、食欲不振和体重减轻。若溃疡病变穿孔至肠外组织或器官，可形成瘘管。UC患者为下腹或腹左下1/4痉挛性疼痛，较轻，有疼痛-便意-便后缓解的规律。因炎症刺激使肠蠕动增加及肠腔水、钠吸收障碍，可产生脱水和电解质失衡的复发性黏液脓血性腹泻。
两病的周围关节炎在肠道疾病发作6个月至几年后，偶尔也可在结肠炎之前发生或同时发生。一般急性发作，常为不对称形式，侵及1个或几个大关节，最常受累的是膝、踝等负重关节，表现肿胀、红斑、滑膜液分析呈炎症性，通常可在几周内痊愈，不留后遗症。其他可能侵及的关节有末端指间、肘、肩和腕关节。关节炎常出现在肠道炎症严重、范围广泛的患者。针对肠道炎症的治疗，一般对关节炎也有效，随着肠道病变的功能恢复而减轻。关节炎出现在侵及结肠的UC患者比孤立的直肠病变多见，CD侵及结肠比单纯小肠病变者更多见。这种关节炎不破坏关节，类风湿因子（RF）阴性。
皮肤黏膜病变包括见于CD的口腔溃疡，IBD的炎性皮肤疾患，如坏疽性脓皮病和结节性红斑，与结肠病变的活动性有关，有时皮肤病变可在结肠炎症状之前出现。结节性红斑表现为疼痛、皮肤敏感的红斑样或紫色结节，最常见于腿部，病变呈多发性，可发生于任何肢体。轻微的创伤可诱发IBD。坏疽性脓皮病比较严重，可出现坏死性溃疡，有时其病程与肠道炎症不相一致。典型病变发生于下肢，但也可见于身体任何部位，偶见于手术切口。
病人其他的全身性表现，包括失血或失蛋白引起的贫血、肝、胆并发症（如胆盐吸收不良的胆结石、继发性营养不良、糖皮质激素治疗或从深静脉高营养液补充过多的碳水化合物所致的肝脏脂肪变性、胆管炎和肝功能异常）、血栓性静脉炎等。生殖泌尿系异常如肾结石是IBD的常见表现，因脂肪泻使草酸盐和草酸钙结合引起。CD形成的瘘管常有膀胱瘘，炎症性包块机械性压迫导致输尿管阻塞等。IBD患者还可发生骨质疏松和骨软化等代谢性骨病。
IBD没有一个能以病征就可以确诊的临床内镜和组织学特征，因此，医生必须全面考虑临床资料和病情演变。
CD的诊断可根据临床症状和体征，结合X线变化特征，如肠狭窄节段刺激征和急速跳跃区的出现等。结肠镜有助于对结肠受累的病变的诊断，组织活检可显示穿壁性炎症和肉芽肿形成。排除感染、寄生虫、赘生物等病因，出现结肠炎表现的患者可诊断为UC。IBD的疾病分类学依靠临床描述、内镜检查和组织学标准。
