PCR法查痰是近代分子生物学方法，可检测痰标本中少许结检菌的特异性DNA。40条结核菌即可阳性，有的仅几条结核菌即可阳性。方法灵敏，较培养法阳性率高；特异性亦高；检测快速；需两天即报结果甚至几个小时即出结果；还可作菌型鉴定；对异菸肼和利福平等已可用PCR方法作耐药检测，并已有人利用PCR法检测DNA指纹追踪传染源。PCR法查痰菌不足之处是还有少量假阳性与假阴性；严格操作和方法的改进可能进一步减少或避免之。
