合成好的神经递质要包装到囊泡中贮存，以待释放。不同的递质包装到不同的囊泡，它们在形态上能很容易区分。小分子递质如乙酰胆碱和氨基酸，被包装到直径为40~60nm的小囊泡中，位于囊泡膜上的递质转运体主动把胞质内合成好的小分子递质泵入囊泡内贮存。小囊泡电子密度低，在电镜下中心明亮，故称为中心明亮的小囊泡，也称突触囊泡。神经多肽则被包装到直径为90~250nm的大囊泡中，这种大囊泡的电子密度高，在电镜下中心不透明，称为中心致密的大囊泡，也称分泌颗粒然而对于胺类递质来说，它们既可以贮存在透明的小囊泡里，也可以像多肽类递质一样被包装到致密囊泡中，这取决于特定的神经元种类。