黄曲霉毒素B1纯品为无色结晶，一般在中性溶液中较稳定，但在强酸性溶液中稍有分解，在pH9-10的强碱溶液中分解迅速。黄曲霉毒素对光、热、较稳定，只有加热到280—300℃才裂解，高压灭菌2小时，毒力降低25%—33%，4小时降低50%。黄曲霉毒素B1在紫外线下发蓝色荧光，且紫外线对低浓度黄曲霉毒素B1有一定的破坏性。
