NF-κB结合DNA的结构最早是在成熟B细胞免疫球蛋白κ-轻链基因的增强子上被发现，两个亚基形成的同源和/或异源二聚体与靶基因上10bp特定的序列（-κB 位点）结合调节基因转录，不同的NF-κB二聚体在选择结合序列时可能略有差异，这是NF-κB通过不同的二聚体的形式对不同基因的表达进行精细调节的一种方式，但结合的模式基本相同。NF-κB的两个RHR组装成蝴蝶样结构，中间有一个孔可以让DNA穿过。CTD负责两个蛋白的二聚，以及DNA的磷酸化，NTD可以特异性识别DNA碱基序列以及非特异性结合DNA的磷酸骨架。
最常见的NF-κB二聚体是RelA（p65）与 p50组成的异二聚体。
