材料的固定
在原位杂交中，要获得清晰完整的超微结构图像，最大限度地保持细胞内的DNA或RNA分子的完整性，使探针容易进入细胞或组织，选择合适的固定剂及固定时间对新鲜的组织迅速固定是至关重要的。
常用的固定剂如戊二醛，甲醛等交联性固定剂能较好地保持细胞和组织的超微结构，也能有效地保存组织细胞中的核酸，但它们会和细胞浆内的生物大分子产生交联，影响探针的穿透力。而多聚甲醛等非交联性固定剂显然对探针具有很好的穿透性，但对核酸及超微结构的保存却较差。因此在实验中应试用不同的固定剂或它们的组合，以探求最合适的固定条件。现在文献中一般多推荐使用4%的多聚甲醛加0.5%的戊二醛作为固定液。
至于固定时间一般认为以2~4h为宜。固定的时间过长会影响探针的的穿透力，减小杂交率；过短，则会对超微结构产生危害。Jing Y等对鼠肾样品进行不同时间的固定，发现固定4h的样品可以达到杂交信号和超微结构保存的最佳结合。