原子发射需要用强大的能量去气化，并激发 ， 原子外层电子被激发后，返回较低能态就会产生发射光谱。所以原子发射首先需要激发源，比如电火花、激光、等离子体等，使原子气化，再被激发。
原子荧光是用该原子的特征光去激发原子外层电子，显然光能比等离子体的能量弱很多，但是现在因为使用空心阴极灯，大大提高了光的能量，而且是锐线光，使部分元素的激发变得容易了许多，因此原子荧光可以比较容易滴应用到汞、砷、硒这一类低沸点元素上。然后被激发的原子外层电子返回低能态，产生发射光谱，这个发射光谱和原子发射光谱是一样的，但是因为是被光激发出来的光，是一种二次发光，所以被称作荧光。 为了避免被一次光（激发光）干扰，荧光的检测器都是设在光路的直角方向。 比较特别的，X-射线原子荧光，激发的是内层电子，产生空穴，外层电子进去补空时，发射出X-射线原子荧光，因为X-射线不可以用普通石英玻璃去做光窗，一般会使用某些金属片做窗户，比如铍。
所以两个光谱法的区别就是：
发射光谱 —— 荧光光谱
1 光源 ： 复杂的激发装置 ------- 空心阴极灯
2 气化 ： 与激发装置相同 ------- 直接挥发或者产生氢化物
3 光路 ： 直线光路 ——— 直角光路
4 光栅： 需要单色器 —— 无需单色器
异：原子荧光法是利用基态原子吸收辐射至高能态，再产生的荧光来判断元素组成，原子吸收法是利用原子吸收特定频率的光辐射判断元素组成。同：都是利用原子的光谱判断。......
间接原子吸收法测定马拉硫磷的研究......
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