双歧杆菌具有调节肠道菌群的作用。通过用双歧杆菌对慢性腹泻患者临床观察研究表明，在服药两周以后，患者大便次数、形状异常，临床症状消失，对总有效率为90.3%，复发率低。许多国内医院已将双歧杆菌制剂作为治疗慢性腹泻的首选药物。此外，双歧杆菌还可以治疗因过量使用抗生素而导致的抗生素相关性腹泻疾病。有人采用双歧杆菌制剂治疗伪膜性肠炎380例，临床总治愈率无明显差异，但临床副作用和复发率均明显降低。双歧杆菌对儿童急慢性腹泻具有很好的治疗作用 。
