结果与保留值之间的关系：利用RP-HPLC 分离多肽首先得确定不同结构的多肽在柱上的保留情况。为了获得一系列的保留系数，Wilce 等利用多线性回归方法对2106 种肽的保留性质与结构进行分析，得出了不同氨基酸组成对保留系数影响的关系，其中极性氨基酸残基在2～20 氨基酸组成的肽中，可减少在柱上的保留时间；在10～60 氨基酸组成的肽中，非极性氨基酸较多也可减少在柱上的保留时间，而含5～25 个氨基酸的小肽中，非极性氨基酸增加可延长在柱上的保留时间。
同时有不少文献报道了肽链长度、氨基酸组成、温度等条件对保留情况的影响，并利用计算机处理分析得到每种多肽的分离提取的最佳条件。
肽图分析（Peptide Mapping）：肽图分析是根据蛋白质、多肽的分子量大小以及氨基酸组成特点，使用专一性较强的蛋白水解酶[ 一般未肽链内切酶（endopeptidase）]作用于特殊的肽链位点将多肽裂解成小片断，通过一定的分离检测手段形成特征性指纹图谱，肽图分析对多肽结构研究合特性鉴别具有重要意义。
利用胰蛋白酶能特意性作用于Arg 和Lys 羧基端的肽链的性质，通过RP-HPLC 法采用C18 柱检测了重组人生长激素特征性胰肽图谱。同时胰岛素的肽图经V8 酶专一裂解也制得，并可鉴别仅相差一个氨基酸残疾的不同种属来源的胰岛素。人类肿瘤坏死因子的单克隆抗体结构也应用酶解法及在线分析技术确定了肽图，便于鉴定分析。此项技术已经在新药开发中得到广泛应用。