真空系统：一般采用机械泵与分子泵联动
电子枪：一般为CeB6（ 六硼化铈）或钨灯丝，其中钨灯丝的寿命较短，仅为40-100小时，需频繁更换，CeB6灯丝寿命超过1500小时，且亮度更高。目前尚没有采用 场发射（Field Emission）的台式扫描电镜。
电磁透镜
探测器： 背散射电子或二次电子探测器
