同位素标记的探针通常有很高的放射比活性，杂交的灵敏度高，但使用期限短，且有放射性危害，污染物处置困难，需要特殊的仪器和设备，不适用于普通实验室。近年来非同位素标记法得到很大发展，如酶促标记法（如生物素、地高辛标记法）和化学标记法（如荧光生物素、酶标记法）。
非同位素标记的探针保存时间较长、避免了同位素的污染，但不及同位素标记探针敏感。
