嘧啶核苷酸的分解代谢是先去除磷酸和核糖生成嘧啶碱，嘧啶碱在肝内降解。降解产物易溶于水，这点与嘌呤碱不同，嘌呤碱的代谢产物尿酸仅微溶于水。
嘧啶环中的脲基碳以形式从呼吸排出，并产生β－丙氨酸（有生理意义，为鹅肌肽、肌肽及泛酸的成分）及β－氨基异丁酸（经代谢进入三羧酸循环）。
