（1）检查样品台状态。样品载台在操作过程中由于高频次的机械运动，可能出现样品载台被卡住、位置记忆乱码等错误，所以需要对样品载台定期进行初始化。定期做好观察维护的方法如下：将高压关掉，破真空后，打开样品仓，转动X，Y，Z 轴，连续旋转R轴、倾斜角T轴，观察样品载台在移动范围内的运行状态、顺畅程度、声音大小（T 轴声音稍大一些）、幅度范围，另外关注样品载台中小配件如螺丝是否松动，样品舱内是否存在异物。
（2）检查冷却水系统。冷却水系统是指水换热并经降温，再循环使用的给水系统，主要由冷却设备、水泵和管道组成。在扫描电子显微镜中冷却水流过需要降温的设备有物镜、分子泵、电路板散热器件等。冷却水的恒温将大大增强设备的稳定性、可靠性和可重复性。所以日常维护过程中，首先要保证室内温度、湿度恒定在正常使用范围内，减少温度波动；再者需提高冷却水的质量。提高热交换效率及水循环系统的工作效率，需定期检查冷却水是否结垢或有絮状微生物生成。结垢的主要因素包括水质、温度、流速、表面状态等，根据扫描电子显微镜自身的特点，可控的因素一般需关注水质与pH 值两点。尽量使用去离子水，减少水中的离子浓度，减少化学腐蚀。需将冷却水的上盖密封，降低腐蚀率；控制水的pH 值降低微生物存活的几率，减少微生物腐蚀与电化学腐蚀 。