朱军（1998）提出了用随机效应的预测方法获得基因型效应及基因型与环境互作效应，然后再用区间作图法或复合区间作图法进行遗传主效应及基因型与环境互作效应的QTL 定位分析。该方法的遗传假定是数量性状受多基因控制，它将群体均值及QTL 的各项遗传效应看作为固定效应，而将环境、QTL 与环境、分子标记等效应看作为随机效应。
由于MCIM将效应值估计和定位分析相结合，既可无偏地分析QTL 与环境的互作效应，又提高了作图的精度和效率。此外该模型可以扩展到分析具有加×加、加×显、显×显上位的各种遗传主效应及其与环境互作效应的QTL。
利用这些效应值的估计，可预测基于QTL 主效应的普通杂种优势和基于QTL 与环境互作效应的互作杂种优势，因而其具有广阔的应用前景