（1）外源目标基因的分离、克隆以及目标基因的结构与功能研究。这一部分的工作是整个基因工程的基础，因此又称为基因工程的上游部分。
（2）适合转移、表达载体的构建或目标基因的表达调控结构重组。
（3）外源基因的导入。
（4）外源基因在宿主基因组上的整合、表达及检测与转基因生物的筛选。
（5）外源基因表达产物的生理功能的核实。
（6）转基因新品系的选育和建立，以及转基因新品系的效益分析。
（7）生态与进化安全保障机制的建立。
（8）消费安全评价。
