手术治疗用于完全性肠梗阻、肠瘘与脓肿形成、急性穿孔或不能控制的大出血，以及难以排除癌肿的患者。
对肠梗阻要区分炎症活动引起的功能性痉挛与纤维狭窄引起的机械梗阻，前者经禁食、积极内科治疗多可缓解而不需手术，对没有合并脓肿形成的瘘管，积极内科保守治疗有时亦可闭合，合并脓肿形成或内科治疗失败的瘘管才是手术的指征。
手术方式主要是病变肠段的切除，手术切除包括病变及距离病变远、近侧10cm的肠段及其系膜和淋巴结。如局部粘连严重或脓肿形成，不能切除，可作短路或旷置术，根据情况再作二期病变肠管切除术。如为腹腔内脓肿则切开引流。对多处病变的病例，只切除有并发症的病变肠管，避免因过度切除发生短肠综合征。
因误诊为阑尾炎等而在手术中发现为此病时，如无肠梗阻、穿孔等并发症，不必做肠切除术。
本病手术治疗后多在肠吻合口附近复发。推荐的预防性用药在术后2周开始，持续时间不少于3年。术后应随访。