IBD没有一个能以病征就可以确诊的临床内镜和组织学特征，因此，医生必须全面考虑临床资料和病情演变。
CD的诊断可根据临床症状和体征，结合X线变化特征，如肠狭窄节段刺激征和急速跳跃区的出现等。结肠镜有助于对结肠受累的病变的诊断，组织活检可显示穿壁性炎症和肉芽肿形成排除感染、寄生虫、赘生物等病因，出现结肠炎表现的患者可诊断为UC。IBD的疾病分类学依靠临床描述、内镜检查和组织学标准。
