寇热柯克斯体由不同传播途径感染进入人体后，先在局部网状内皮细胞内繁殖，之后侵入血循环，形成立克次体血症，播散到全身各个器官和组织，主要造成全身小血管肺脏肝脏和肾脏等组织脏器病变。
寇热立克次体在人体内潜伏可达10年或更长时间，血管病变主要有内皮细胞肿胀，严重时可有血栓形成。肺部病变可见肺泡充满淋巴细胞，单核细胞组织，细胞和纤维蛋白渗出物，肺泡间隔增厚，肺间质水肿严重者类似大叶性肺炎，肝脏出现具有脂肪的坏死肉芽肿，心脏可出现心肌炎，心内膜炎或心包炎。心瓣膜可有赘生物形成，甚至导致主动脉窦破裂或心瓣膜穿孔，此外肾脏脾脏和睾丸亦可发生病变，病变器官含有大量寇热立克次体。
