1.呕血的鉴别 除胃及十二指肠溃疡外，婴儿时期的呕血，可见于新生儿自然出血症、坏血病、食管裂孔疝等。儿童时期的哎血，可见于紫癜、血友病、重度贫血、肝硬变（胃及食管静脉曲张）、慢性充血性脾大、脾静脉血栓形成等。有时吞咽异物致胃部受伤而出血，或因鼻咽出血被吞咽后再从胃部呕出。
2.血便的鉴别 胃及十二指肠溃疡出血多为柏油样便，红色血便见于大量出血。主要应与肠套叠、肠重复畸形、回肠远端憩室出血、肠息肉、肠伤寒、过敏性紫癜及其他血液病等鉴别。
3.腹痛的鉴别 与溃疡相似的腹痛者肠痉挛、肠寄生虫病、胆道痉挛、胆道蛔虫等。长期有规律性剑突下疼痛者，可考虑作钡餐松树检查以协助诊断。一种少见的遗传病Zollinger-Ellison综合征，以间发性腹痛、呕血、便血、腹泻、脂肪泻为主要症状，胃酸显著增多，存在非β胰岛细胞肿瘤，须与溃疡病鉴别。此综合征患儿血内促胃泌素极高。可助诊断。