凡新生儿、婴幼儿患间质性肺炎，或患肝炎伴单核细胞增多，出现变异淋巴细胞，尤其伴有先天畸形的新生儿，应考虑本病。成人接受输血、器官移植，或免疫抑制治疗后出现单核细胞增多，出现变异淋巴细胞，发热、皮疹、肝脾肿大者，亦应考虑本病。本病患者嗜异性凝集试验呈阴性，可与EB 病毒所致的传染性单核细胞增多症相鉴别。鉴别诊断时尚应注意与病毒性肝炎以及其他病因所致的肝大、黄疸等相区别。对于先天性畸形，或死胎、流产、早产等所谓“TORCH综合征”的患者，则应与导致此类疾患的其他病因即弓形虫病、风疹病毒感染、单纯疱疹病毒感染，及其他可能的病原体感染(如梅毒螺旋体等)一一鉴别。外周血抗-CMV IGM 阳性表明新近存在CMV 感染，对于婴幼儿患者可诊断本病。由于孕妇外周血IgM 型抗体不能通过胎盘屏障，所以若新生儿脐血抗-CMV IgM检测阳性则可诊断CMV 宫内感染(采集脐血标本时应注意避免母血污染)。婴幼儿外周血仅单一抗-CMV IgG 检测阳性者，应连续随访6～12 个月，观察其滴度是否有显著意义的升高。由于成人人群中CMV 抗体检出率很高，故检测CMV 抗体用于成人患者诊断本病的意义有限。用PCR 技术检测患者标本中的巨细胞病毒基因有助于确诊本病；可早在出生后头3 周，就能从新生儿的尿液或唾液标本中检测出CMV 的存在，为CMV 的宫内感染提供依据。