引起婴幼儿腹泻有许多原因，大体分为两类：
非感染性因素造成的
如饮食喂养不当或天气变化均可引起腹泻。饮食方面引起的腹泻包括进食过多或过少；食物成分改变，加糖过多（反之，糖分摄入过少易引起便秘）；添加辅食过快，引起不适，天气炎热时给孩子断奶等。天气变化如孩子受凉，可使肠到功能紊乱；气候炎热可使胃酸和消化酶分泌减少，消化不良引起腹泻。
感染性因素造成的
如孩子进食的奶具或食物不洁，使细菌进入体内造成腹泻；长期服用广谱抗生素，致使肠到菌群失调引起腹泻；小儿患急性上呼吸道感染、肺炎、中耳炎、泌尿系统感染、咽炎等病时，由于发热及病原体毒素的影响，均可造成腹泻。
