木棉的拉丁名，国外最早在1954年被提及的为Bombax malabaricum，至2015为止，均较为广泛的在化学成分、药理分析、植物研究等文献中使用，在《中国植物志》中，亦使用此拉丁名；《海南植物志》《广州植物志》等地方植物志及《中国高等植物图鉴》等则较多使用Gossampinus malabarica这一拉丁名。英文版《Flora of China》及一些文献则写为Bombax ceiba。依照植物命名规则，木棉的命名应该是唯一的。所以在后来，植物分类学界认为Bombax ceiba才是木棉的标准拉丁名。