原料水的来源
尽管泉水和矿泉水通常都不含有害的或致病的微生物，但这也不是绝对的。从井、河流或者湖泊中取出的水，则可能被污染，因此必须加以消毒。
CIP冲洗水
最后用来冲洗掉异物和消毒溶液的CIP冲洗用水，必须在微生物方面是足够安全的，这一点非常重要。全自动的紫外线消毒系统可以和CIP冲洗循环组合在一起，以确保最后用的冲洗用水不会再次遭到微生物的污染。对于这种应用场合，中压灯管是最理想的，因为它机械强度高，不受CIP水温突然变化的影响。例如：当用80℃的热水冲洗后，紧接着又用10℃的冷水加以冲洗。
过滤器的消毒
反渗透(RO)浓缩液和颗粒活性炭(GAC)过滤液是滋生细菌的温床。对于反渗透浓水和颗粒活性炭过滤水，紫外线是对其进行消毒的有效方法，已经在加工行业得到广泛应用。
脱氯处理
常常使用颗粒活性碳过滤器对水进行脱氯处理，以除去经过氯化处理后所产生的异味，使最终得到的水口感较好，并没有令人不快的味道。而在脱氯活性碳过滤器的前面加装紫外线系统，能够提高活性碳过滤器的工作效能，延长活性碳的使用时间，从而降低成本。
