水质污染的连续自动监测系统是一套以在线自动分析仪器为核心，运用现代传感器技术、自动测量技术、自动控制技术、计算机应用技术以及相关的专用分析软件和通讯网络所组成的一个综合性的在线自动监测体系。但较之大气污染的连续自动监测，水质的连续自动监测要困难得多，这是因为水环境中的污染物种类更多，成分更复杂，从而导致基体干扰严重，通常都要进行化学前处理，而且污染物的含量往往是痕量的，要求建立可行的提取、分离，富集和痕量分析方法，所有这些均为连续自动监测技术带来一系列困难。根据目前水质污染连续自动监测技术的发展，首先连续自动监测那些能反应水质污染的综合指标项目，然后再逐步增加其他污染物项目。