HIV/AIDS肺部应抗感染治疗，其抗微生物治疗与一般患者基本相同，但应注意HIV/AIDS者抗感染化学治疗时毒副反应发生率较高且严重，应密切观察和防范。抗HIV治疗需参照CD4+和病毒含量。若CD4+μl和病毒含量每毫升>500拷贝者有治疗指征；CD4+>500/μl和病毒含量>500拷贝者是否治疗尚无统一意见，若患者合作则可以治疗；CD4+<200/μl而病毒含量低于可检测水平者，不治疗，定期复查。最常用治疗方案是两种核苷酸反转录酶抑制剂（NRTIs）和一种蛋白酶抑制剂（PI）。
