迄今尚未明确本病的特异性致病因素，现研究认为与以下因素有关[2]：
1.遗传
研究显示炎症肠病性关节炎具有高度遗传倾向，遗传因素在发病过程中起主导作用。涉及的遗传因素包括HLA-B27基因和HLA-B27以外的相关基因。而以HLA-B27基因与疾病的相关性最为显著。遗传易感性导致抗原递呈异常、自我识别异常、产生针对结肠和结肠外组织的自身抗体等，最终使肠道通透性增加，分泌许多炎症因子，导致肠道和滑膜炎症
2.感染
传统观点认为，HLA-B27的存在限制了CD8T淋巴细胞的功能，胃肠道的炎症使致病菌激活淋巴细胞，产生针对关节软骨的抗体，导致关节破坏。
3.免疫因素
炎症肠病性关节炎发病时，关节滑膜会出现微小血管增生，大量免疫细胞浸润，包括CD4及CD8淋巴细胞和巨噬细胞等细胞，它们所介导的免疫反应是炎症肠病性关节炎重要的发病机制。
