林麝体小似山羊，身长70-80厘米，肩高45-50厘米，体重6-11公斤。无角。耳长直立，上缘圆形。眼圆大，无眶下腺。吻较短、裸露。全身臀部高于肩部，呈拱状，前肢直立，后肢弯曲。尾短，隐没于臀毛中，随着年龄的增长，雄体麝尾变得秃短肥胖，雌体无太大变化。
全身被毛色暗，呈深棕色并染有桔红色。体后部色较深，棕黑色。幼体背及体侧部位有白色或黄白色斑点，成体消失。耳上部及边缘棕黑色，耳基和耳内白色或黄白，有的耳基部有土黄色斑纹。胸腹间及四肢内侧上部色淡，呈淡黄或白色；四肢下部前面灰棕，后面浅褐。臀部毛长5厘米左右，毛色从基部到毛尖，由白色→浅灰→浅棕→棕色→棕黑色渐变，近毛尖处有一桔黄或黄白色圆环，腹部毛较为纤细，毛基白色，毛尖略呈淡黄色。全身被毛极易脱落，脱毛处20天后可逐渐长出黑色新毛。雄麝2岁左右，上犬齿长出唇外，向下弯曲，细而尖，长约3-4厘米。雌麝上犬齿细小，不露出唇外。第一前臼齿较小，侧偏，第二、三前臼齿内外缘各具一月形齿突。每个臼齿均有两对月形齿突。下颌门齿较小，齿面椭圆。雄麝的麝香腺位于脐与睾丸间，囊状，外部隆起，被以稀疏短毛，皮肤外裸，中央有一开口，为麝香囊口。后部另有一开口，为阴茎口，带有一束较长的淡黄色毛。后肢发达，比前肢长约1/3。蹄具四趾（第一趾退化，第三、四趾组成主蹄，二、五趾为侧蹄，悬空），细长而狭尖，活动自如、稳健，善于攀岩爬树。