生物反应器有很多种，按照不同的分类角度可以分为各种类型。
按照反应器内流型分：理想反应器(包括柱塞流反应器、全混流反应器)、非理想反应器。
按照操作方式分：连续式反应器、半连续式反应器、间歇反应器。
按照结构特征分：罐式反应器、管式反应器、塔式反应器、膜反应器。
按照反应器内相态分：均相反应器、非均相反应器。
按照生物反应器内有机体种类分：微生物反应器、植物细胞反应器、动物细胞反应器、酶反应器。
按照反应器内气液混合方式分：机械搅拌混合反应器、泵循环混合反应器、直接通气混合反应器、连续气相反应器。
按照是否通氧分：通气发酵设备、嫌气发酵设备。