发布时间:2020-08-24 11:37 原文链接: 用cDNA芯片分析人类基因表达实验

实验材料 母板

试剂、试剂盒 细菌细胞中的标记LB 培养基氨苄青霉素乙醇Super 肉汤培养基 甘油96孔碱裂液T low E 缓冲液10 X PCR 缓冲液 20 X SSC琥拍酸酐

仪器、耗材 96深孔板和V 形塑料细胞培养皿水平微量培养板离心96孔多位点复制针1 加仑储存袋多微孔的带层带孔的振荡器用于深孔板消毒密封的 96 孔板薄 96孔 PCR 孔板和密封的 PCR 板 96 孔加热循环控制装置微滴定率冲洗板培养箱智能玻片打印机

实验步骤

1.密封的低密度标准培养基中 37°C 培养过夜(大部分卖方提供低密度培养基)。如果已经高密度培养过可以省去这个步骤,否则会降低活性。


2.准备重复的 96 孔板分别标记,每孔中加入 100ul 的含 100 ul/ml 氨苄的培养基。(通过氨苄抗性检查 EST 克隆)标记孔板以方便辨认。


为保存孔板,一种工作孔板被用做培养基来源(第 2~5 步)。


3.在水平微量培养板离心机上 167 g 离心 2 min, 弃上清。


4.将 96 孔多位点复制针浸入纯乙醇溶液中,火烧。冷却后挑克隆于装有 LB 的孔板中,可重复操作确保接种。


5.将孔板置于含湿润带层的 1 加仑储存袋中 37°C 培养过夜。


6.在 96 孔板中加人 Iml 含 lOOul/ml 氨节的 Super Broth 中。用多位点复制针接种到新鲜的 LB 中,盖上盖后在深孔板振荡器上 200r/min 37°C 摇 24 h。


7.每孔中加 50ul 45% 灭菌甘油,-80°C 保存。


8.预温裂解液(来自裂解试剂盒)于 37°C 直到 SDS 溶解。加入 1ml RNase 于 IOOml 重悬液中,4°C 保存。


9.每孔中加 350^1100% 变性乙醇(来自试剂盒)。盖上滤纸,小心操作以防孔板装得太满。


10.1500 g 离心 7 min。迅速倒置弃上清后换上一张干净的滤纸。要迅速,否则沉淀将浮起或移动。


11.每孔加入 100ul 含 RNase 的重悬液重悬。全部重悬后加入100ul 裂解液,轻轻混匀避免振荡染色体 DNA。


12.每孔加入 100ul 沉淀液,充分混匀后加 100ul 中和液。混勻后转移到试剂盒提供的孔板里。


13.1500 名离心 12 min。弃上清后加乙醇洗后滤出。用滤纸吸干多余的乙醇。


14.每孔中加入 500ul 70% 乙醇。迅速倒掉,吸掉多余的乙醇。将孔板放置于一干净容器中,盖上干净滤纸过夜。


15.重悬 DNA 用 200ul T low 溶液。密封让其在 4°C 溶解至少 2d 才能用。质粒保存温度为-20°C。


16.扩增 96 孔板中的 DNA,以下是 PCR 反应试剂:



17.标记薄% 孔 PCR 板,标记供体和受体板在板的 Al 孔处以确定方向。


18.每孔中加 100 ul PCR 反应混合试剂。轻轻加人确定孔底没有气泡后,每孔中加入 Ijul 纯化的 EST 质粒模板。确定模板都加人到了 PCR 反应试剂中。


19.以下是循环体系:



20.用 2% 的琼脂糖胶电泳 2ul 的 PCR 产物,选用适当大小的分子标记(支持方案 1)。如果扩增产物已经被证实了,每个孔板只要分析一排就够了。


21.选取孔板中一排中的一个孔,用荧光测定法分析 1ul 扩增产物(支持方案 2)。


22.每孔加 200ul 乙醇/乙酸盐溶液于 96 孔 V 形底板。再每孔中加 100ul PCR 产物进行纯化,用移液枪混勻 4 次。


23.于-80°C 培养 lh过夜,充分溶化。


24.4°C下2600 g 离心40 min。弃上清,留 10~20u1 在底部避免吸到沉淀。


25.用20ul 70% 乙醇洗沉淀,4℃下2600g 离心 40min。吸去上清让其在一封闭容器中风干过夜。不要用快速蒸发器。


26.每孔中加40 ul 3 X SSC, 小心密封孔板。将孔板置于加热储存袋中。将加热储存袋放置在 65°C 培养箱中 2 h,之后让其自然冷却。


27.选取孔板中一排中的一个孔分析 1 ul 提纯的重悬PCR产物用2% 的琼脂糖胶跑胶(支持方案1)。查看跑胶条带。产物于一20°C保存。


28.在转移PCR产物到玻片前,详细参看打印笔的说明。


29.用多聚L-赖氨酸包被玻片(支持方案3)。


30.将溶解的纯化 PCR 产物 167 g离心2 min。转移5~10ul PCR产物于孔板中,这将作为打印的原液。


四列直插式打印笔能产生连贯的小点,液体体积要少,打印笔深不能超过 1mm。


31.带有DNA溶液和连续沉积溶液的笔在玻片上打点。用重复的打印检查玻片上点的大小和位置。同样证实了笔能携带溶液并打点,这样简单的负荷物能产生出我们所需要的玻片。


32.如果一个或者更多的笔没有在要求的水平,重新清洗或者换另一个笔重新检测。如果所有的笔都显示了,进行全部的印记。


33.印记最后,从印记仪上取下片子,在片子边缘用玻璃刀标明编号和印记标记。并用玻璃刀刻线来标明这片子在第一块片子上的印记区域。将片子放到清洁的玻片盒,可存放一周。


34.将片子印记的一面向上放置,在一个约 24 cm X 34 cm X 5 cm Pyrex baking 皿中,盖上塑料盖。将片子用 450mJ 强度的紫外线照射。将片子转移到不锈钢架子上,并将架子置于小的玻璃容器中。


35.溶解 6.Og 琥珀酸酐于 325 ml 1-甲基-2-吡咯酮在玻璃容器中,用玻璃棒搅拌加速溶解。


注意:无菌手套应预热,并且操作;1-甲基-2-吡咯酮(一种致癌剂)应在化学防护通风橱内进行。


36.加 25 ml lmol/L 硼酸钠缓冲液到烧杯中。搅拌混合几秒钟,然后迅速倾倒到放片子^玻璃容器中。将玻璃容器放到摇床,70~90r/min 摇 20 min。


37.浸片子到沸水中。立即关掉加热器,让片子在热水中孵育 2 mm。将片子转移到 1L 盛有无水乙醇的玻璃容器中孵育 4 min。


38.转移片子到水平离心机中,167 g 离心 3 min。转移片子到一个清洁的片子盒,竖直放置过夜,准备杂交。