注射甲流疫苗不影响怀孕。但甲流疫苗卫生部定为孕妇慎用。新疫苗副作用正不断观察中。不知怀孕的已注射者，关注阶段孕检即可，做相应处理。已注射的建议半年后再孕，让药物衰减甚净，做到优生。
科学研究显示，在妊娠的任何时期接种流感灭活疫苗都是安全的、有效的，不会增加产后并发症和不良妊娠的风险。妊娠期间接种流感疫苗还可以保护婴幼儿。研究发现，接种了流感疫苗的孕妇，其保护性抗体能够透过胎盘传递给胎儿。如果孕妇在妊娠中期活晚期接种疫苗，其抗体就能够在婴儿出生后提供平均2-3个月的保护。
