科学家发现新的癌症生物标志物

　　生物标志物，可让研究人员根据相对非侵入性的血液检测，对疾病进行诊断和分期，目前已经确定了几种类型癌症生物标志物，但对于大多数癌症来说，仍然是难以捉摸的。

　　现在，日本理化学研究所（RIKEN）生命科学技术中心（CLST）和澳大利亚HarryPerkins医学研究所的研究人员，发现了很多个基因，它们在许多不同类型的癌症中是上调的，从而为开发生物标志物检测、早期发现癌症进而及时治疗，提供了机会。

　　这项研究发表于十一月九日的《CancerResearch》，使用了两种不同的技术。第一，研究小组分析了CAGE技术（RIKEN开发，是FANTOM项目的一部分）产生的数据。他们检测了225个癌细胞系和339个正常细胞的RNA表达情况，并寻找基因表达的差异。然后，他们通过分析来自4055份原发肿瘤和563份健康组织的RNA测序数据（来自TCGA数据库），进行了补充，并将两者进行交叉，以识别两个数据库中发现的变化。

　　本文第一作者、CLST的BogumilKaczkowski解释说：“使用两个不同的数据集，可让我们能够充分利用各自的优势。TCGA数据是复杂的，因为肿瘤样品是由不同的细胞混合组成的，而FANTOM5CAGE数据来自于细胞培养中的细胞生长，培养过程中可能会出现变化。通过把两者放在一起，并寻找存在于两者当中的变化，我们能够编制一个强大的目录。”

　　基于这项工作，研究人员确定了128个标记，它们在两个数据库的各种肿瘤类型中是变化一致的。其中有一些，如TOP2A和MKI67，众所周知可作为潜在的生物标志物。但是得益于FANTOM5的数据，他们也能找到了一些新的标记，包括非编码RNA，来自重复序列和增强子元件（CAGE技术可以识别）的RNA。特别是，他们发现，一个鲜为人知的重复单元——称为REP522，在许多癌症中是上调的。

　　FANTOM5财团的负责人、本文共同作者PieroCarninci介绍说：“这项研究表明，我们的CAGE(Cap-AnalysisGeneExpression)技术，是在启动子水平上发现肿瘤标志物的有力工具。我们发现了几百个启动子——基因组中启动基因表达的部分，它们在癌症中是上调的，特别是，与基因组中重复序列重叠的启动子，似乎是上调的。这是癌症发展的一个有趣的见解。我们对REP522序列特别感兴趣，并想确定它扮演的是什么角色。”

　　Carninci继续说，“我们用基础科学方法来映射和理解基因组的调控元件，并转化为帮助早期诊断癌症的发现，这是很让人欣慰的。我们希望，研究人员将使用我们的研究结果，来确定许多癌症类型的标记，它们目前没有有用的标记。它也可能靶定我们已经确定为潜在药物靶标的基因。这些靶标可能有助于许多癌症患者，因为它们是在许多不同类型的肿瘤中是上调的。”