巴西芽生菌病病原菌经口、皮肤及黏膜损伤处侵入人体是本病的诱发因素。当身体抵抗力减弱而又有病原菌入侵时，不但局部发生病变，且可很快侵入淋巴和血液循环，引起内脏器官的病变。中年男性多见，但人与人间尚未见有直接传染者。
皮肤粘膜损害有些区域呈肉芽肿性浸润，有上皮样细胞及巨细胞，伴急性炎性浸润及脓肿形成。在巨细胞内外可见无芽、单芽甚至多芽的真菌孢子。后者的横切面有如“驾驶盘”，直径可达60μm，无芽或单芽孢子的直径仅5～20μm。
原发性肺部感染多由吸入孢子引起。大部分患者无症状或亚临床症状，可自愈。少部分出现乏力、发热、咳嗽、痰中带血丝、胸痛和呼吸困难。病原菌直接感染或经淋巴、血行播散。皮损为小肉芽肿或溃疡，愈后遗留瘢痕，造成畸形。原发感染经血行播散至肝、脾、小肠以及泌尿生殖系统、中枢神经系统和肌肉、骨骼、脏器，引起肉芽肿和化脓性结节，全身淋巴结亦可受累肿大。以化脓性肉芽肿为主，有中性粒细胞浸润，在脓液的巨细胞中有菌体孢子，多呈单芽性芽生孢子。
