缺氧大部分需要氧气呼吸的物种，都拥有保守序列HIF-1。其转录都有严格的调控机制。HIF-1是由一个α亚基和一个β亚基组成的异源蛋白二聚体，而β亚基是一种芳基烃受体核转位（ARNT)。 HIF-1属于碱性螺旋-环-螺旋（bHLH）家族中的PER-ARNT-SIM（PAS）亚科。 α亚基和β亚基的结构类似，且都包含下列结构域：
N-末端- 一个bHLH结构域，能和DNA结合。
中间区域 -Per-ARNT-Sim(PAS)结构域，有利于形成异源蛋白二聚体。
C-末端- 一个能与[[转录辅助调节因子]结合的蛋白质，促使转录共调节。