原肠形成时，内胚层细胞迁移到胚体内部形成原肠腔，留有与外界相通的孔。通过胚孔背唇进入胚内的细胞将形成脊索及头部中胚层，其余大部分中胚层细胞经胚孔侧唇进入胚内。
原口动物的口起源于胚孔，称为口胚孔，如大多数无脊椎动物；
而后口动物的胚孔则发育为成体的泄殖腔，称为泄殖胚孔，与胚孔相对的一端另行开口，发育为成体的口。如脊椎动物及棘皮动物等。
