本组疾病病因尚不完全明了，可能与各种因素，如感染、物理或化学因素，引起的免疫功能紊乱有关，明确的诱发因素是各种嗜肝病毒感染。
病毒感染（如乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、EB病毒、麻疹病毒等）在激发免疫反应方面的作用比较肯定。病毒抗原表位和某些肝脏抗原具有相同的决定簇，通过“分子模拟”而诱发交叉反应，进而导致自身免疫性肝病。比如，丙型肝炎病毒感染的部分患者血清中可检测到多种非特异性自身抗体，推测很可能是丙型肝炎病毒的感染改变了肝细胞膜上的蛋白质成分所致。
