蛋白质序列分析和结构预测实验

实验步骤

1.  人脂联素蛋白质序列的检索

（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez）；

（2）在Search后的选择栏中选择protein；

（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；

（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；

（5）点击序列接受号NP_004788 （adiponectin precursor； adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens]）后显示序列详细信息；

（6）将序列转为FASTA格式保存（参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列）；

2.  使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析

打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成。

或者选择protein后，点击Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平。

3.  人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析

（1）进入NCBI/Blast网页；

（2）选择Protein-protein BLAST (blastp) ；

（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；

（4）点击BLAST；

（5）查看与之同源的蛋白质。

4.  人脂联素蛋白质序列的motif结构分析

（1）expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan）进入网页；

（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；

（3）点击Scan；

（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）。

5.  人脂联素蛋白质序列的二级结构预测

（1）可由expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http://www.predictprotein.org/）进入；

（2）进入predictprotein页面后，先register（注册）；

（3）然后将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，submission（提交）所要分析的蛋白序列；

（4）从email信箱查看分析结果。

PHD predictions结果

PROF predictions结果

6.  人脂联素蛋白质序列的三维结构预测

（1）进入http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页；

（2）选择Automated mode （自动模式）；

（3）进入Automated mode 界面后输入E-Mail地址和序列名称，将将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，点击“submit modeling request”后，等待结果。

（4）从email信箱查看分析结果。

注意事项

1.  需下载软件入rasmol查看三维图象。

2.  有时结果比较快，会马上有结果发到E-Mail，通过E-Mail链接即显示结果页面。但有时候比较慢。

其他

一、作业

1.  提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果。

2.  相互对比结果，说明产生不同结果的原因，总结进行上述分析所需注意的关键事项。