定量与校正
当已知某种化合物时，如在临床试验中，收集了许多单个样品的统计数据，并且已很好地表征了所给药的药物及其感兴趣的代谢物，则不需要完整的质谱图。但是，在复杂的生理混合物中则需要非常好的灵敏度，因此该仪器就要设置为仅监视特定的m/z值。
因为离子连续流过三重或串联四极杆，所以没有必要限制离子流进入质量分析器。与之相反，离子阱有明确的有限容积，因此，需要防止过多的离子进入离子阱。不限制离子强度，结果在质谱图中会出现不想要的或意外的峰，这样当试图在GC/MS谱库中搜寻EI谱时将非常麻烦。离子阱的设计已经发生很大的改变，允许外部电离（在质量过滤器外获得离子，随后离子注入离子阱），而不是内部电离（在质量过滤器电离）。设计的变更带来了一个问题，在阱中会发生离子分子反应，但同时对离子流有一定限制。甚至在MRM模式下，这种总离子流的自动调节机制会引起对单个色谱峰的不规则采样间隔。因此，最终，在复杂基质的痕量分析中，离子阱具有一定局限性，尤其当要求有极高的准确度和精确度时，在这种情况下，因为数据必须具有合理性，或必须符合定量分析的准确度和精确度的严格标准。
MS定量分析时，通常需要使用内标化合物。内标化合物用于控制样品提取、LC进样和电离等过程的误差。如果没有内标物，各种重复试验中的RSD值将比有内标物的实验高出10倍。最好的内标物是目标分子的同位素标记物。虽然合成这类分子非常昂贵，但是他会显示其类似物的回收率，色谱保留时间和质谱电离响应等重要指标。下图是使用GC/MS和CI的线性回归线。用于评估系统的适用性，对样本进行随机化以及确定合适的曲线至关重要
校准
我们应该使用校正化合物调整质量校正比例和离子相对强度，与已知被测物相匹配。所有质谱仪上都需进行这一操作，因为电子、表面的清洁度和实验室的周围条件可能影响质谱仪的有效测量能力。对一些在低分辨质谱仪上进行的要求不高的分析来说，校正可以较少，但仪器响应高低的检查要经常做。但是，要求高的准确度则要求对质量精度随时监控。
对GC/MS，常用的校正化合物是FC-43，也称为过氟三丁烷胺。其它的校正化合物混合物也被用于调整高分辨率质谱的校正比例。碘化铯钠（NaCsI）和聚乙二醇混合物是LCMS的校正物。在LCMS兼容的溶剂中，NaCsI以稳定状态流入或加入到质谱仪中，在一系列贯穿4000Da的范围内产生一系列单同位素峰，可用于质量校正。含有可选择的标准肽、蛋白质、基质和溶剂等，用于对MALDI质谱仪进行校正、调谐和灵敏度检测的有效工具包已经商品化。SigmaAldrich®公司已经推出了这样一种用于蛋白质和肽复杂混合物的分析（700到66000Da）的一套试剂盒。
质量锁定
使用TOF和类似的高精度仪器进行最苛刻的测量时，需要始终保持警惕。仅温度的微小变化就可以使报告的质量结果偏移百万分之几。根据所使用的电离类型，可以通过简单地使用离子源中存在的已知污染物来实现恒定校准校正。或者，您可以定期对离子流进行采样，以在整个分析过程中重新建立正确的校准。通过在色谱柱后和质谱仪入口之前注入，简单地在流动的LC洗脱液中添加锁定质量校准物，通常会导致不受控制的行为，例如离子抑制，质量干扰和溶剂效应。
TOF型质谱仪能实现较低ppm的质量精度，对于傅里叶变换离子回旋共振（FTICR）质谱仪，如果控制进入系统的离子数，则可达到更高的质量精度。通过质量锁定对质量数实时校正可以去除用事先已建立的质量比例校正的质量误差。信号较弱有时是另一易被忽略的原因，可通过对LC峰各采样点进行平均计算来校正。
为获得精确的质量数据而优化的双电喷雾源非常适合蛋白质组学研究或低水平代谢物鉴定。该方法使用两个独立的ESI探头，并使用可编程步进电机驱动的摆动挡板对校正的喷雾，或参比流进行采样。以预定的时间间隔对参考喷雾进行采样，以确保采集占空比有利于包含分析物的液体流。采样挡板的位置得到实时监控，可为两个进液口建立索引，并且参考数据和样品数据分别存储在单独的文件中。该设计消除了分析物与参考通道之间的干扰。