原理和在高等动植物中用杂交子代中重组频率的高低来计算两个基因间的距离没有不同。
不过在微生物中一个菌落或一个噬菌斑代表一个个体，因而便于通过大量的杂交子代的观察来进行精细结构分析；
而且往往采用选择性培养方法淘汰没有发生重组的亲本，使分析的效率和精密度进一步提高。
不过精细结构的重组频率容易受到突变位置本身的影响，这就是标记影响。
