一、本质不同：
间接的酶标抗体是二抗，与待检抗体结合；阻断酶标抗体是一抗，与抗原结合。间接中底物降解的量与抗体量相等，阻断底物降解量与抗体。
二、实验结果不同：
酶联免疫吸附试验 (以下简称ELISA) ：是酶免疫测定技术中应用最广的技术，其基本方法是将已知的抗原或抗体吸附在固相载体 ( 聚苯乙烯微量反应板 ) 表面，使酶标记的抗原抗体反应在固相表面进行，用洗涤法将液相中的游离成分洗除，常用的ELISA法有双抗体夹心法和间接法。
OD值不同是因为前后样液的浓度不同，所以透光率也不一样，但是前后的OD值都是表示同一种物质在不同浓度时的OD值，只是相对在0.2-0.8范围内比较精确而已。
三、用途不同：
ELISA更为简便实用和标准化,从而使其成为最广泛应用的检测方法之一，目前ELISA方法已被广泛应用于多种细菌和病毒等疾病的诊断，在动物检疫方面，ELISA在猪传染性胃肠炎、牛副结核病、牛传染性鼻气管炎、猪伪狂犬病、蓝舌病等的诊断中已为广泛采用的标准方法。
用于标记的酶 用于标记抗体或抗抗体的酶须具有下列特性：有高度的活性和敏感性；在室温下稳定；反应产物易于显现；能商品化生产。目前应用较多的有辣根过氧化物酶（HRP）、碱性磷酸酶、葡萄糖氧化酶等，其中以HRP应用最广。
