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PNAS:下一代测序助力张启发研究“转基因水稻”

水稻是世界上最重要的粮食作物之一,与玉米、小麦、土豆被称为“世界四大主粮”。在过去的50年里水稻尤其是籼稻(indica )的改良取得了一些里程碑式的成果。其中一项重大的突破是在上世纪的五六十年代中国及国际水稻研究所(IRRI)开发出了一系列半矮杆水稻品种,促成了水稻的“绿色革命”。 此后,半矮杆成为了几乎所有现代水稻品种的一个基本特征。基于半矮杆品种,科学家们进而又改良了其他的一些性状,例如非生物胁迫抗性、广泛的生物胁迫抗性及更好的稻米品质。另一个重要的突破是利用杂种优势,促成了自上世纪70年代以来大规模地采用杂交水稻。中国科学院院士,美国科学院外籍院士、第三世界科学院院士、华中农业大学生命科学技术学院教授张启发院士曾经一度因为“黄金大米”事件而被公众针砭不一。作为国际著名的植物遗传和分子生物学家,他长期致力于水稻基因组研究,旨在通过植物基因组分析、重要基因的分离克隆、杂种优势的遗传和分子基础、作物品种资源的分子评估及应......阅读全文

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

我国超级稻基因组数据从“云端”向全球共享

  “我们的3000份绿色超级稻基因组原始测序数据,覆盖了全球25万份种质基因全部遗传变异的95%。这份核心数据,将正式通过阿里云平台,向全球免费开放。”9月15日,中国农业科学院、阿里云计算有限公司、华智水稻生物技术有限公司、北京聚道科技有限公司在长沙共同启动“云之稻项目”,中国农科院农作物基因资

水稻功能基因组研究:我国要继续保持领先优势

  以“水稻功能基因组研究的现状和未来”为主题的第520次香山科学会议学术讨论会近日在北京召开。与会专家就水稻基因组测序及注释、水稻重要性状的调控网络、水稻多组学(表观组、蛋白组、代谢组、表型组等)研究,以及水稻基因组解析等方面展开了深入的讨论。   此次会议由中国科学院院士、华中农业大学教授张启发

作物基因组学研究进展

  摘要:农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2017年度主要农作物基因组

我国主导水稻基因国际研究离“设计水稻”更近一步

  记者日前从中国农业科学院获悉,由中国科学家主导的“3010份水稻基因组计划”结出硕果,剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传多样性,这一研究的重大成果将提升全球水稻基因组研究和分子育种水平,加快优质、广适、绿色、高产水稻新品种培育。  水稻种群的基因有着丰富的多样性和复杂的作用机制,是水稻育种改良的

作物基因组学研究进展(一)

作物基因组学研究进展农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2018年度主要农

中科院、华大基因Nature子刊测序新成果

  来自中科院遗传与发育生物学研究所、深圳华大基因研究院和亚利桑那大学等机构的研究人员完成了对短花药野生稻(Oryza brachyantha)的全基因组测序,并揭示出了稻属基因组进化的机制。相关成果发表在3月12日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。   

华中农大连发两项水稻重要成果

  近期,华中农业大学水稻研究团队在水稻基因组研究中接连取得重要进展,相关研究结果接连发表在国际著名学术期刊《PNAS》、《Genome Biology》。  九月十日,张启发教授和练兴明教授作为共同通讯作者,在《PNAS》发表题为“Breeding signatures of rice impro

中国科学家绘制小麦A、D基因组草图

  作为世界三大粮食作物之一,小麦养活了全球40%的人口,提供人类营养所需的20%的热能和蛋白质。   随着基因组学的发展,水稻和玉米的基因组相继被破译,但关于小麦基因组的测序研究依然困难重重、进展缓慢,小麦基因组成了横在科学家面前的一座大山。   中科院遗传与发育生物学研究所植物细胞与染色体工

基因组研究让水稻育种走向精准设计

  由中国主导的国际间科研大协作项目“3000份水稻基因组研究”26日结出硕果——北京时间当日凌晨1时,国际顶级学术期刊《自然》正式发表《3010份亚洲栽培稻基因组研究》。该研究针对水稻起源、分类和驯化规律进行了深入探讨,揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构,剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传

2018前10月生物医学风云榜 袁隆平 曹雪涛及施一公等上榜

  经过特殊的算法,我们得到了2018年前10个月中国生物医学风云榜人物及最火爆的3个重大学术界事件,能够上榜的风云人物/事件,都曾长时间占据过100多个公生物医学公众号的头版头条。  在此,我们精选了其中的3个事件及16位风云榜人物。我们对其进行了划分,分别是:6星级的3个事件,分别位诺贝尔奖,国

中科院遗传发育所水稻基因组编辑研究取得重要新进展

  水稻突变体是进行水稻功能基因组学基础研究和水稻分子设计育种的重要材料。常规的水稻突变体来源于自发突变或化学、物理及生物的诱变,具有很大的随机性和局限性,不能满足大规模的水稻功能基因组学研究和水稻分子设计育种的需求。利用高效便捷的CRISPR/Cas9基因组编辑技术和高通量的寡核苷酸芯片合成技术可

《自然—遗传学》发表我国科学家水稻研究成果引关注

  由中科院上海生命科学研究院、北京基因组研究所、中国水稻研究所等单位合作的研究成果《水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析》,日前在线发表在《自然—遗传学》(Nature Genetics)杂志上。  该研究报道了中国水稻地方品种的全基因组的遗传多态性和单倍体型图谱,并对籼稻

中国科学家完成水稻5个“近亲”基因组测序

   中国科学家3日说,他们完成了亚洲栽培稻(一般称为水稻)5个“近亲”的全基因组测序,获得了高质量的基因组参考序列。这有望进一步推动水稻品种的改良。   中国科学家在美国《国家科学院学报》上报告说,他们从2007年至今,自主完成了尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展颖野生稻和南方野生

612万公顷“绿色超级稻”惠及亚非18国农户

   由中国科学家主导的最大国际农业科技扶贫项目“为非洲和亚洲资源贫瘠地区培育绿色超级稻”,2日在京结题。项目实施11年,高效培育出一大批高产、多抗(抗旱、耐盐、耐淹、养分高效等)绿色超级稻新品种,累计在亚非18国推广新品种78个、612万公顷,使160万农户收入显著增加;同时完成了代表水稻科学研究

中科院,上海师范大学Nature Genetics发文:

  来自中科院植物生理生态研究所,上海师范大学生命与环境科学学院等处的研究人员发表了题为“Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wild rice”的文章,通过泛基因组分析揭示

昆明植物所破译稻属植物5个物种全基因组

  亚洲栽培稻(一般称为水稻)是世界上最重要的粮食作物之一,是中国第一大粮食作物,养活了80%以上的中国人口。在水稻与其它约23个物种共同组成的稻属植物中,它和7个稻种(普通野生稻、尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展颖野生稻、长雄蕊野生稻和南方野生稻)都是AA基因组类型,这些水稻近缘物种间断分

汉字首登Nature 农科院等完成亚洲栽培稻基因组变异研究

  水稻是全世界最重要的粮食作物之一,对水稻全球品种进行基因组研究,对于挖掘有利等位基因和指导基于全基因组信息的分子育种具有重大的理论和实践意义,是关系着国家乃至全球粮食安全的重大战略问题。  2011年9月,全球3000份水稻核心种质资源基因组项目(3K Rice Project)正式启动,该项目

水稻基因组编辑工具盒再添新成员

   据中国农科院最新消息,该院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具,并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑(碱基对G·C和A·T的互换)以及靶基因转录激活调控。该成果对于水稻基因功能解析和

记中国科学院基因组科学与信息重点实验室

随着多种高通量DNA分析技术的不断发展和高性能计算能力的持续提高,基因组科学正在以前所未有的速度产生着大量的基因组数据和生物学信息,为科学研究提 供了大量宝贵的原始数据。由数据到信息再到知识,它正在革命性地改变着基因学研究思想和方法论。中国科学院基因组科学与信息重点实验室也因此应运而生。

从砍柴割草到“编写生命密码”——记基因组学家杨焕明院士

  在世界上首次利用全基因组“霰弹法”策略对大型植物基因组进行测序,独立完成超级杂交水稻父本籼稻“9311”基因组的“工作框架图”;在抗击非典行动中研制了SARS的诊断用抗原、抗体和相关标记物,并在全球首个公布SARS诊断试剂……  他,就是中国科学院院士、深圳华大基因研究院研究员杨焕明,一名从砍柴

杨焕明院士:曾在全球首个公布SARS诊断试剂

   在世界上首次利用全基因组“霰弹法”策略对大型植物基因组进行测序,独立完成超级杂交水稻父本籼稻“9311”基因组的“工作框架图”;在抗击非典行动中研制了SARS的诊断用抗原、抗体和相关标记物,并在全球首个公布SARS诊断试剂……  他,就是中国科学院院士、深圳华大基因研究院研究员杨焕明,一名从砍

中国科学家发表在《Nature》《Science》封面的基因组文章

  随着测序技术的便捷化、廉价化进程的推进,中国已经逐步进入基因组测序普及化的时代,目前,我国已经获得多个物种的基因组图谱。   其中,影响比较大的基因组图谱成果都发表在国际一流期刊《Nature》或《Science》的封面上。     2002年 水稻基因组图谱 《Science》

水稻基因组编辑工具盒再添新成员

  近日,中国农业科学院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具,并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑(碱基对G·C和A·T的互换)以及靶基因转录激活调控。相关研究成果在线发表于《分子植物》(

于军:人类基因组计划是我的生命

        于军,纽约大学医学院生物医学科学博士,师从台湾中研院院士孙同天教授;博士后研究追随美国“人类基因组计划”的领导者和设计者之一,著名基因组学家、美国科学院院士Maynard V.Olson。  1993年,于军参与“

研究揭示水稻基因组“垃圾DNA”的真相

  对于动植物的DNA来说,仅有不到5%能够翻译成蛋白质,进行生命活动。而大部分DNA转录成RNA之后,便不再继续翻译,这些非编码RNA一度被认为是转录中的“噪音”“暗物质”, 甚至有人认为这是“垃圾DNA”。  近十年来,随着探索未知的技术的进步,这些所谓“垃圾DNA”的重要性才开始为人们所了解。

研究揭示水稻基因组 “垃圾 DNA” 的真相

  对于动植物的 DNA 来说,仅有不到 5% 能够翻译成蛋白质,进行生命活动。而大部分 DNA 转录成 RNA 之后,便不再继续翻译,这些非编码 RNA 一度被认为是转录中的 “噪音”“暗物质”, 甚至有人认为这是 “垃圾 DNA”。  近十年来,随着探索未知的技术的进步,这些所谓 “垃圾 DNA

水稻HAK转运体基因家族的种系特异性扩张和适应性进化

实验概要高亲和力钾离子(high-affinity   K)转运体基因家族是植物中最大的钾离子转运基因家族,在植物的生长发育中起着重要的作用。本研究中通过全基因组搜索,在水稻基因组中发现27个基因编码高亲和力钾离子转运子。通过系统发生树将拟南芥与水稻的HAK转运子基因家族分成4个相互独立的

中国科学家主导完成“绿色超级稻”国际扶贫项目

  自2008年启动以来,由中国农业科学院主导的“为亚洲和非洲资源贫瘠地区培育绿色超级稻”国际农业科技扶贫项目,已在18个非洲和亚洲国家审定高产、优质、多抗品种78个,累计推广面积达612万公顷,令160万农户收入显著增加。  4月2日,“绿色超级稻”项目结题会在京举行。项目首席科学家、中国农科院作

生物信息学—促动BT与IT双赢

  无论是与结构基因组学对应的“基因时代”,还是与功能基因组学、蛋白质组学相应的“后基因时代”;无论你称呼21世纪是“信息时代”、“后信息时代”,还是“生物时代”,所有这一切,都将BT(生物技术)与IT(信息技术)紧密结合起来。而这其中,无疑“生物信息学”占据了天时地利、出尽了风头,虽然它