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新型蛋白质结构分析手段氢氘交换质谱技术进展

氢氘交换质谱法是一种研究蛋白质空间构象的质谱技术。它在蛋白质结构及动态变化研究、蛋白质相互作用位点发现、蛋白表位及活性位点鉴定方面有着广泛的应用。随着氢氘交换质谱技术的不断发展,它正在成为结构生物学家及生物药物研发的重要手段。 氢氘交换质谱(HDX MS,hydrogen deuterium exchange mass spectrometry)是一种研究蛋白质空间构象的质谱技术。其原理是将蛋白浸入重水溶液中,蛋白的氢原子将于重水的氘原子发生交换,而且蛋白质表面与重水密切接触的氢比位于蛋白质内部的或参与氢键形成的氢的交换速率快,进而通过质谱检测确定蛋白质不同序列片段的氢氘交换速率,从而得出蛋白质空间结构信息[1]。这个过程就像将握着的拳头浸入水中,然后提出水面并张开手掌。这时,湿润的手背表明它在“拳头”的结构中处于外表面,而较为干燥的手心表明它是“拳头”的内部。除样品制备外,氢氘交换质谱法的主要过程包括:交换反应、......阅读全文

蛋白质组学实用分析技术一览

分析其实也属于技术的一部分,且在蛋白质组学研究中显得尤为重要,因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的,而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性,因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。

1100学者齐聚杭州 第二届质谱大会开幕

  分析测试百科网讯 2015年10月17日,第二届全国质谱分析学术报告会(质谱大会)在浙江大学紫荆港校区体育馆盛大开幕,本次大会由中国化学会、国家自然科学基金委员会主办,中国化学会质谱分析专业委员会、浙江大学化学系承办。浙江大学副校长罗建红教授、南京大学陈洪渊院士、中

生物质谱技术在蛋白质组学中的应用

  一、 前言[1,2]   基因工程已令人难以置信的扩展了我们关于有机体DNA序列的认识。但是仍有许多新识别的基因的功能还不知道,也不知道基因产物是如何相互作用从而产生活的有机体的。功能基因组试图通过大规模实验方法来回答这些问题。但由于仅从DNA序列尚不能回答某基因的表达时间、表达量

质谱检测法与蛋白质分析(一)

  质谱分析法是蛋白质研究领域和生物大分子研究领域中最重要的分析技术。由于我们对蛋白质鉴定、定量和分析的要求越来越高,希望检测技术的灵敏度也越来越高,同时能够对更为复杂的样品进行分析处理,因此推动了质谱检测技术的发展,出现了一大批新兴的质谱分析方法和仪器。本文将对近几年质谱技术的发展以及质

质谱检测法与蛋白质分析(一)

质谱分析法是蛋白质研究领域和生物大分子研究领域中最重要的分析技术。由于我们对蛋白质鉴定、定量和分析的要求越来越高,希望检测技术的灵敏度也越来越高,同时能够对更为复杂的样品进行分析处理,因此推动了质谱检测技术的发展,出现了一大批新兴的质谱分析方法和仪器。本文将对近几年质谱技术的发展以及质谱技术在蛋白质

质谱检测法如何进行蛋白质分析?

  MS/MS操作模式  串联质谱仪通常使用的都是离子模式来鉴定蛋白质的氨基酸序列。目前所有的MS/MS质谱仪都具有该功能。不过其它特殊的质谱仪也具有MS/MS功能。如果要发现蛋白质中的某个功能基团则需要用到母离子扫描功能或者中性丢失扫描功能,而这就必须用到三重四级杆质谱仪,如Q-Q-Q质谱仪,或四

5分钟了解:啥仪器让蛋白质组学界诞生如此多牛人大咖

  蛋白质组学(Proteomics)一词,源于蛋白质(protein)与基因组学(genomics)两个词的组合,意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”,即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。” 1994年澳大利亚的Marc Wikins首次提出蛋白质组(Proteome)的概念,1997年

质谱仪

最近又有几项有关质谱仪的最新进展问世,这些新成果的出现又给我们的生物大分子研究工作补充了“弹药”。在蛋白质测序方面,基于碰撞诱导裂解技术(CID),又新出现了可变裂解技术(Alternate fragmentation technique),该新技术是基于处在碰撞池中的离子具有的电子传递特性开发出来

蛋白质组技术的研究进展

  大规模基因组测序计划的实施已改变生命科学的重心,在相当短的时期内,一些原核生物和某些低等真核生物的基因组序列已被测定. 1995年,流感嗜血杆菌基因组序列首次被破译,在此后不到两年的时间,近50个细菌的基因组序列已被完成. 然而,这仅仅是理解有机物功能的一个起点. 在基因组时代,许多DNA序列信

质谱技术及其应用

21世纪的最前沿科学之一,随着人类第一张基因序列草图的完成和发展,生命科学的研究也将进入一个崭新的后基因组学,即蛋白质组学时代。正如基因草图的提前绘制得益于大规模全自动毛细管测序技术一样,后基因组研究也将会借助于现代生物质谱技术等得到迅猛发展。本文拟简述生物质谱技术及其在生命科学领域研究中的应用。1

质谱检测法与蛋白质分析(二)

传统的和最新的蛋白质组学研究策略虽然到目前为止,还没有一种蛋白质组学研究策略能够对某个蛋白质组进行常规的、完整的分析,但是现在的技术已经非常强大,我们相信,很快就能进行全蛋白质组学研究了。而且,对某个亚蛋白质组(比如某个细胞器或亚细胞结构的蛋白质组)进行研究早就已经不是什么难题了,这已经成为了一种常

蛋白质相互作用研究:从整体到局部

随着越来越多的物种基因组测序完成,对全蛋白质组与相互作用组的解释已经成为近期研究的热点。虽然蛋白质组研究阐述了表达蛋白质的所有组成成分,但是相互作用组包括了生物体内存在或者可能存在的成对蛋白质-蛋白质相互作用,因此,形成了庞大且稀疏的网状结构。伦敦帝国理工学院生物信息学中心的WP Ke

质谱检测法与蛋白质分析

在生命科学研究工作中有一个重要问题,就是发现、鉴定蛋白质并弄清楚它们的一级结构。知道了蛋白质的氨基酸序列信息,我们就可以通过遗传密码将其与编码序列对应起来,从原则上来说,也就将细胞的生理学与遗传学联系起来了。发现、鉴定出了一个蛋白质就好像给我们打开了一扇窗,透过这个窗口,我们就能够对复杂的细胞调控网

第三届质谱论坛:质谱技术在组学研究中的应用

技术讲座 沃特世科技(上海)有限公司技术专家 贾伟博士   来自沃特世科技(上海)有限公司技术专家贾伟博士带来了题为《蛋白质结构质谱分析技术进行》的报告。贾博士在报告中重点介绍了蛋白质修饰分析、蛋白高级结构分析和蛋白差异构象分析这三方面内容。   蛋白质修饰分析   蛋白质

蛋白质组学概念的起源和发展

  蛋白质组学的诞生和发展,离不开多学科和技术的逐渐交叉融合。这些学科技术包括(但不限于)基因组学、生物化学、分析化学、自动化、基于电磁场的精密质谱仪、信号处理、数理统计和计算机科学。近年来,分子医学、大数据技术和人工智能的发展,进一步加速推动了蛋白质组学的成长,使之在精准医疗领域展示出越来越大的应

走近大科学工程:国家蛋白质科学中心

  图为蛋白质科学研究(上海)设施核磁共振分析系统  生活中的乌云总是不期而至。一位正值花季的美国女孩,突然被告知患上了一种非常难治的癌症。基因检测结果显示,她所患癌症的亚型发生率极低。  在患同一大类癌症的人群中,只有2%的人所患亚型和她一样。幸运的是,针对这一亚型恰好有一种特效药。经过不到3个月

蛋白质组技术的研究进展

大规模基因组测序计划的实施已改变生命科学的重心,在相当短的时期内,一些原核生物和某些低等真核生物的基因组序列已被测定. 1995年,流感嗜血杆菌基因组序列首次被破译,在此后不到两年的时间,近50个细菌的基因组序列已被完成. 然而,这仅仅是理解有机物功能的一个起点. 在基因组时代,许多DNA序列信息仅

探秘蛋白质的“前世今生”

  生活中的乌云总是不期而至。一位正值花季的美国女孩,突然被告知患上了一种非常难治的癌症。基因检测结果显示,她所患癌症的亚型发生率极低。   在患同一大类癌症的人群中,只有2%的人所患亚型和她一样。幸运的是,针对这一亚型恰好有一种特效药。经过不到3个月的治疗,她痊愈了。   国家蛋白质科学中心·上海

董梦秋:化学交联质谱让结构生物学研究如虎添翼

  在蛋白质组学分析方法中,质谱获得的是多肽序列结构的信息;那么用质谱是否可研究大分子蛋白的结构信息?近几年来,董梦秋实验室在中国做出了多项先驱性工作,主要集中在化学交联质谱领域。在用单颗粒冷冻电镜技术研究结构生物学屡创佳绩的当下,很多研究者都把样品一分为二,一份做冷冻电镜,一份做交联质谱。那么交联

2018中国质谱大会生命科学与医学集锦

  分析测试百科网讯 2018年11月24日-26日,2018年中国质谱学术大会在广州东方宾馆盛大召开。本次大会包括一个报告主论坛,21个主题分论坛,共300余场演讲报告。在“生命科学与医学”分论坛上,数十位业内专家学者带来精彩的演讲报告,吸引参会人员驻足聆听。分析测试百科网作为本次活动的合作媒体,

13位大咖厦门共论质谱,谁与争锋?

  第三届全国质谱分析学术报告会”在厦门翔鹭国际大酒店举办。    活动现场  分析测试百科网讯 2017年12月9日,由中国化学会质谱分析专业委员会主办,厦门大学承办,中国质谱学会和中国分析测试协会协办的“第三届全国质谱分析学术报告会”在厦门翔鹭国际大酒店举办(相关报道:千人质谱会再次来袭 看“高

蛋白质组学常用数据库一览

  一蛋白质数据库  1.UniProt (The Universal Protein Resource)  网址:http://www.uniprot.org/  http://www.ebi.ac.uk/uniprot/  简介:由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞

蛋白质组技术的研究进展(二)

3 蛋白质组技术的支柱---鉴定技术(Identification)    如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE,那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定.  在这里,我们不考虑传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comi

现场同步直播 目击中国化学会第31届学术年会全过程

  分析测试百科网讯 2018年5月5日,中国化学会第31届学术年会在浙江省杭州市杭州国际博览中心盛大开幕。  在全国化学工作者的支持和积极参与下,中国化学会学术年会规模不断扩大,影响力不断提升,已经成为化学及相关领域门类最全、规模最大、水平最高的学术交流平台。中国化学会第 31 届学术 年会设

赛默飞世尔科技“蛋白质组学解决方案”网络视频讲座

  3月30日下午,赛默飞世尔科技蛋白质组学市场专员唐佳向大家作了题为《蛋白质组学研究方法和Thermo蛋白质组学解决方案》的报告

2014第三届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP)学术报告(一)

  2014年11月12日, “2014第三届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP)”在中国科学院计算技术研究所

空间蛋白质组学:一种强大的细胞生物学发现工具

真核细胞高度区室化,生物过程被分隔在不同的区室进行。蛋白质功能与亚细胞定位密切相关,不同的区室提供不同的化学环境(例如pH和氧化还原条件)、不同的潜在作用配体或底物。因此,对蛋白质亚细胞定位的严格控制是细胞生理学的重要调控内容。大多数细胞生物学过程涉及蛋白质亚细胞定位的变化,例如转录因子在细胞核-胞

蛋白质二级结构的红外检测

  蛋白质是与生命及各种形式的生命活动紧密联系在一起的物质,机体中的每一个细胞和所有重要组成部分都有蛋白质的参与。蛋白质是由不同氨基酸以肽键相连所组成的具有一定空间结构的生物大分子物质,其结构可分为以下4个结构层次:   图1 蛋白质的四个结构层次   我们所关注的蛋白质二级结构指的是蛋白质

《自然—方法学》:蛋白质结构分析新技术创测定速度纪录

  过去需几年时间完成的工作现在仅用几天即可完成   据美国物理学家组织网7月20日报道,隶属于美国能源部的劳伦斯伯克利国家实验室的科学家开发出一种利用小角度X射线散射技术测定蛋白质结构的新方法,大大提高了蛋白质结构研究分析的效率,使过去需要几年时间完成的工作仅需要几天即可完成,这将极大地促进结构

Nature:蛋白质结构分析新技术创测定速度纪录

  据美国物理学家组织网7月20日报道,隶属于美国能源部的劳伦斯伯克利国家实验室的科学家开发出一种利用小角度X射线散射技术测定蛋白质结构的新方法,大大提高了蛋白质结构研究分析的效率,使过去需要几年时间完成的工作仅需要几天即可完成,这将极大地促进结构基因组学的研究进程。   结构基因组学是一门研究生