生物学中的应用1：对MinION测序结果中basecalling的计算
记得去年“阿尔法狗”（AlphaGo）的新闻出来后，小编曾下定决心要跨专业学习一下AI，看看它能否在咱们生物领域也掀起热浪。结果当小编刚刚了解到阿尔法狗的命脉乃来自Deep Learning （深度学习）真传时，它的亲兄弟“AlphaFold” 就以迅雷不及掩耳之势（2018年12月初召开新闻发布会）在蛋白质折叠预测领域独领风骚。有生物学背景的我们都知道，虽然科学家们破译了基因组，但从DNA到蛋白质翻译过程受各种基因和/或蛋白质的调控、修饰，并且蛋白质从翻译产生到能发挥功能的这一过程也是在细胞内经历了各种修饰、折叠。但人家“AlphaFold”则不畏这些千难万苦，“硬生生”的通过氨基酸序列直接预测蛋白质的3D结构（AlphaFold 的新闻发布链接：https://deepmind.com/blog/alphafold/）。所以当“AlphaFold”一出世，大家都惊呼它是能把诺贝尔奖抱回家的人选之一。 既然“Alpha......阅读全文
生物学中的应用1：对MinION测序结果中base－calling的计算
记得去年“阿尔法狗”（AlphaGo）的新闻出来后，小编曾下定决心要跨专业学习一下AI，看看它能否在咱们生物领域也掀起热浪。结果当小编刚刚了解到阿尔法狗的命脉乃来自Deep Learning （深度学习）真传时，它的亲兄弟“AlphaFold” 就以迅雷不及掩耳之势（2018年12月初召开新闻发
MinION测序仪再次开放试用
英国Oxford Nanopore Technologies公司近日宣布，它重新开放了MinION测序仪的早期试用计划，希望吸纳更多用户来参与。同时，越来越多的计划参与者开始展示和发表他们的结果。 在上周举行的AGBT 2015大会上，英国基因组分析中心和美国冷泉港实验室的研究人员就介绍了利用
第二代DNA测序技术的操作流程
1）测序文库的构建（Library Construction） 首先准备基因组DNA（虽然测序公司要求样品量要达到200ng，但是Gnome Analyzer系统所需的样品量可低至100ng,能应用在很多样品有限的实验中），然后将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段，并在两头加上特定的接头
MinION测序仪有望在极端环境中检查人类疾病
MinION测序仪登上太空,科学家们不是为了证明基因测序的飞速发展,而是想利用其来帮助人类在极端环境中诊断疾病。 对于该试验,Rubins宇航员有自己的一些期望,她说,"目前,我们不能实时分析太空中发生在人类以及细胞中的事情。我们的空间站拥有一个具有15年历史的干净水源,但是这些水源是否存在微
Nature：掌上测序仪表现令人惊艳
今年四月份，伯明翰大学的Joshua Quick在行李中装了三个测序仪（MinION）然后登上了去几内亚的飞机。这在过去是难以想象的，因为绝大多数测序仪又大又重。在几内亚，Quick只用12天就测序了14名埃博拉患者的病毒基因组，收集样本之后48小时就能得到结果。 这对于流行病学家来说，是一个
Nature：实时、便携式基因组测序
埃博拉病毒（EBOV）感染人类会引起致命的出血热，发病率和病死率极高。2014年这种病毒在西非造成了严重的疫情，死亡人数已经超过11,000人。今年一月份，就在人们以为这场疫情正式结束之际，塞拉利昂又出现了新的病例。 本期Nature杂志发表的一项新研究展示了便携式基因组测序仪在这次疫情中起到
U盘大小的DNA测序仪证实可用于检测病原体
由华大基因和生物医学中心（BioMed Central）联合创办的大数据期刊《GigaScience》3月26日报道了掌上手持型DNA测序仪的最新成果，这种测序仪可以在短短6个小时时间里区分细菌和病毒的种类。 去年，由英国Oxford Nanopore公司开发的，仅4英寸长、普通U盘大小Min
纳米孔测序仪首次于失重环境下完成测序实验
科学家们在失重环境下进行实验，首次证实掌上测序仪MinION可以在太空中使用。 Johns Hopkins大学的遗传学家Andrew Feinberg和Lindsay Rizzardi登上了NASA的低重力飞机，在模拟的失重环境下完成了遗传学实验。“我非常享受这种体验，感觉就像置身天堂，”Fe
纳米孔测序的过去、现在和将来
纵观测序技术的发展历程，没有哪一个技术像纳米孔测序那样慢热，但也没有哪一个技术像纳米孔测序这么接近普罗大众。将单链DNA拉过蛋白孔，检测碱基穿过时电导的微小改变，纳米孔测序的这一基础理念已经有十几年历史了。 1996年哈佛大学的DanielBranton、加州大学的DavidDeamer及其同
Science及Nature共述：口袋里的DNA测序仪，可实时诊断
纳米孔测序的想法起始于25年前， 2012年5月4日《Science》首次报道了Oxford Nanopore公司研制的纳米孔测序仪样机——MinION，用于破译病毒DNA。然而MinION的发展历程并不那么顺利，英国牛津大学基因组学中心基因组学家Rory Bowden说，“众所周知，在每次读取
第二代DNA测序技术的应用展望
第二代测序技术--以Illumina/Solexa Genome Analyzer 为例1.概述DNA测序（DNA sequencing）作为一种重要的实验技术，在生物学研究中有着广泛的应用。早在DNA双螺旋结构（Watson and Crick,1953)被发现后不久就有人报道过DNA测序技术，但
Nature子刊首次展示掌上测序仪的巨大潜力
纳米孔测序也被称为第三代测序，而Oxford Nanopore公司则是这一领域的先行者。去年11月，该公司启动了掌上测序仪MinION的早期试用计划。这个备受关注的测序仪只有USB大小，可以实现即插即用。 East Anglia大学和Public Health England的研究团队十二月九
一台笔记本电脑、一个USB！科学家在南极完成了测序
在过去的几年中，研究界和商业界已经开始开发能用于野外现场研究的测序仪，牛津纳米孔技术就是典型的例子之一。牛津纳米孔公司的MinION测序仪是这几年备受瞩目的一款手持式纳米孔测序商业设备，去年人家可是上过太空的，它也是唯一上过太空的测序仪。如今，科学家们又仅凭一台MinION设备、一台便携式电脑就
最热门基因组遗传学新闻一览
本周包括苹果，IBM等在内的著名企业宣布了各自在生命科学领域研究的最新消息。 苹果推出ResearchKit 首先苹果Apple公司继新的数据共享平台 ResearchKit 首次亮相之后，将开始手机用户的遗传信息。据MIT Technology Review报道，“鼓励iPhone用户将其
首次在太空利用MinIONDNA测序，与地球结果完美匹配
NASA宇航员凯特·鲁宾斯首次在太空利用MinION测序仪进行DNA测序。 凯特·鲁宾斯，2005年毕业于斯坦福大学医学院生物化学系及微生物学与免疫学系，获得癌症生物学博士学位，2009年进入NASA培训，成为一名合格的宇航员。英国牛津纳米孔公司提供的MinION测序仪，只有手掌大小。 美国国家
Nat－Methods发布新的DNA测序技术
最近，英国诺丁汉大学的科学家们首次证明，我们有可能实时地、有选择性地测定DNA序列片段，从而大大减少了分析生物样品所需的时间。 在Nature子刊《Nature Methods》上发表的一篇论文，描述了一种新的技术，可高度选择性的进行DNA测序，这种技术被称为“'Read Until”。这种方
长读长测序的“灾难”——检测结构变异成为空谈！
长读长测序技术以其读长的优势，能够更大程度的检测结构变异（Structural Variations，SV）。然而面对市面上常见的Nanopore测序技术，检测结构变异的事实真的如此吗？在今年11月bioRxiv杂志上发表的文章则指出：使用Nanopore对具有反向重复结构的CNV序列进行DN
全面解读第四代测序技术
纳米孔测序技术（又称第四代测序技术）是最近几年兴起的新一代测序技术。目前测序长度可以达到150kb。这项技术开始于90年代，经历了三个主要的技术革新：一、单分子DNA从纳米孔通过；二、纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制；三、单核苷酸的测序精度控制。目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是Oxf
带您了解第四代测序技术
纳米孔测序技术（又称第四代测序技术）是最近几年兴起的新一代测序技术。目前测序长度可以达到150kb。这项技术开始于90年代，经历了三个主要的技术革新：一、单分子DNA从纳米孔通过；二、纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制；三、单核苷酸的测序精度控制。目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是O
手持基因测序仪问世－仅手机大小
康涅狄格州立大学的研究人员通过使用一种比手机还要小的手持测序仪，对自然界中已知的最复杂基因的RNA进行了测序。 当一个DNA链穿过纳米孔测序仪MinION时，MinION可以“看见”五个核苷酸。五个核苷酸一组会生成一个特征电流，使MinION可以连续读出DNA编码。 如果说DNA是生命模板
三代测序的前奏：Illumina再诉牛津纳米孔
Illumina今天正式宣布起诉Oxford Nanopore，诉讼涉及后者在纳米孔测序相关领域涉嫌侵犯Illumina两项ZL。 Illumina同时向美国国际贸易委员会和美国南加州地方法院提出此次诉讼，起诉Oxford Nanopore侵犯其美国ZL局第8673550号和9170230号Z
测序简史（四）
三、三代全长转录本分析工具三代全长转录本在辅助基因注释，可变剪接分析，融合基因检测方面可以说大显身手，下面小编列了几个工具及对应的下载地址，供大家参考。大家有好的最新的工具欢迎留言补充！1. 可变剪接鉴定（3个工具）1)网址：https://github.com/liuxiaoxian/IsoSeq
纳米孔技术有望颠覆DNA测序市场
Christopher Mason有一个喜欢在会议上展示的技巧。通过从志愿者手机上收集的化验样本获取DNA，他和同事能在1个小时内现场进行谱系分析，甚至详细描述出捐赠者一天的生活细节。“我们能从手机上的残留物预言谁刚吃了一个橘子或者谁吃了猪肉。”美国纽约威尔康奈尔医学院计算生物学家Mason表示
纳米孔测序技术有望颠覆DNA测序市场？
Scott Tighe（左）等研究人员利用MinION设备在南极泰勒谷测序微生物DNA。 “我们能从手机上的残留物预言谁刚吃了一个橘子或者谁吃了猪肉。”美国纽约威尔康奈尔医学院计算生物学家Mason表示。你们相信吗？Christopher Mason有一个喜欢在会议上展示的技巧。通过从志愿者手机
盘点：2015年那些横空出世的“非典型”测序仪
提及测序仪，那就不得不说Illumina和Thermo两只“大鳄”。这两家公司提供的测序仪占据了绝大部分市场份额。出于应对特殊政策的需要，国内的几家企业也纷纷推出了“自己”的测序仪。放眼国际市场，有一些企业另辟蹊径，研发出别具特色的测序仪，力图从垄断者手中分得一杯羹。小编今天就带大家认识一下这些
纳米孔测序仪真机现身ASHG
英国Oxford Nanopore Technologies公司在年初的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上发布了一款便携式的基因组测序仪MinION，性能强劲，价格给力，引发市场轰动。然而，大半年过去了，纳米孔测序仪却迟迟不见踪影，连更早发布的GridION也未上市。于是，生物界开始议论
纳米孔测序技术
测序长度和准确率的快速提升使得纳米孔测序有望颠覆DNA测序市场。纽约威尔康奈尔医学院的计算生物学家Christopher Mason喜欢在会议上表演一个“绝活”：他和同事先从志愿者手机上收集DNA样本，然后就能在一个小时内现场进行谱系分析，甚至叙述志愿者一天的生活细节。“我们能从留在手机上的DNA信
掌上测序仪新玩法：空气微生物实时测
近日，英国基因组分析中心（TGAC）的研究团队分享了利用MinION掌上测序仪，进行创造性研究。作为MinION首批试用者，TGAC摒弃以往需要把样本带回实验室的做法，使用了微型测序设备对环境中成百上千种不同生物样本进行现场物研究，以便研究人员能够对实验基因数据进行实时分析。 该研究的目标是
1.39亿美元！全球测序巨头Oxford－Nanopore获知名机构投资
牛津纳米孔总部位于英国，公司研发、生产和销售世界上唯一的便携式、实时DNA/RNA测序仪。此次募得资金主要用于公司下一阶段的业务扩张，其中，包括在牛津建设一个全新的、高产能的生产基地，以满足市场对牛津纳米孔测序仪产品日益增长的需求；以及扩大服务位于全球70多个国家客户的市场和销售团队。 同时，
Nature－Methods：纳米孔测序仪潜力无限
来自英国Oxford Nanopore公司的MinION是第一台商业化的纳米孔测序仪。它在带来无限希望的同时，也承受着高错误率的质疑。英国伯明翰大学的Nicholas J. Loman和爱丁堡大学的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，称新开发的工具让纳米孔测